El origen histórico de Munilla parece estar en su actualmente despoblada aldea de San Vicente de Munilla. En el s. III a.C., los Pelendones habitaban la parte alta de los valles fluviales riojanos, pastoreando cabras, vacas y caballos.

En el s. X, Munilla, zona fronteriza entre dominios cristianos y musulmanes, fue dotada de un CORTIJO: rudimentaria fortaleza, en lugar alto, para vigilar llegada del enemigo y refugio de sus vecinos; al que se añadirían murallas defensivas y un castillo en el paraje «Las Torres». Posteriormente el Rey Sancho III de Navarra (1004-1035) y su hijo, Don García «el de Nájera», la incorporan a su reino los Cameros y el Alto Cidacos.

Munilla vivió una gran bonanza de 1560 a 1570: riqueza ganadera, importación de lanas, buenos precios de cereales y vinos y su consecuente incremento de población. Contó con Juez de Distrito, Alcalde Ordinario, Castillo con Alcaide, Monteros Mayores en los bosques y otros cargos de gobierno. Posteriormente contaría con importantes talleres de fabricación de paños, nacidos al amparo de La Mesta y la trashumancia, tres fábricas de chocolate.  Dato curioso es la existencia de un taller de órganos y doradores de retablos. Llegó a tener una población de 2.360 habitantes a finales del s. XVIII.

Munilla fue el  primer pueblo de La Rioja en contar con luz Eléctrica gracias a los saltos de agua y a las norias para poder mover las máquinas de los paños así como las maquinas del calzado.